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[병원재무와 회계] 의료법인이 챙겨야할 회계와 세무
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[병원재무와 회계] 의료법인이 챙겨야할 회계와 세무
  • 병원신문
  • 승인 2022.07.18 06:00
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권중목 선진회계법인 회계사
권중목 선진회계법인 회계사
권중목 선진회계법인 회계사

최근 의료기관의 회계투명성을 제고하기 위한 움직임이 강화되고 있다. 당장 올해부터 의료기관 회계기준을 의무적으로 적용해야하는 의료기관이 확대되었다. 종전에는 종합병원만 대상이었으나 일정규모 이상의 병원급으로 확대되었고 적용 대상 병원의 범위도 매년 확대될 예정이다.

의료기관 중에서도 의료법인은 공익법인에 해당하여 개인병원에 비해 상대적으로 더 높은 회계투명성을 요구받는다. 공공성이 높은 서비스를 제공하고 이의 반대급부로 법인세, 상속증여세 등 각종 세금혜택도 받기 때문이다. ‘정의연’ 등 일부 공익법인의 투명하지 못한 회계처리가 문제가 된 것도 이러한 흐름에 일조하였다.

의료법인은 매년 정해진 회계기준에 따라 회계처리를 하고 재무제표를 작성해야 한다. 또한 이 재무제표가 적정한지 외부감사를 받아야 하고 매년의 결산자료를 관할 세무서 등에 제출해야 할 의무가 있다. 이러한 의무를 제대로 이행하지 않은 경우 가산세를 납부해야할 수도 있으므로 유의해야 한다. 의료법인의 결산과 관련하여 챙겨야 할 것들은 다음과 같다.

◆ 일정규모 이상의 의료법인에 대한 외부 회계감사 의무

의료법인 중 자산 100억 원 이상 등 일정규모 이상의 의료법인은 공인회계사에게 회계감사를 받고 감사결과에 대한 감사보고서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 종전에는 자산이 100억원 이상인 경우에만 외부감사 대상이 되었으나 최근 수입금액 및 출연재산 가액 기준이 추가되었다. 외부감사 대상 의료법인은 다음과 같다.

외부 회계감사를 받아야하는 의료법인

· 직전 사업연도 총 자산가액 100억원 이상
· 직전 사업연도 수입금액과 그 사업연도의 출연 받은 재산가액 합계액이 50억원 이상
· 직전 사업연도 출연 받은 재산가액이 20억원 이상

기준에 해당하는 의료법인이 회계감사를 받지 않은 경우 가산세(수입금액과 출연재산합계액에 0.07%를 곱한 금액과 100만원 중 많은 금액)를 납부해야 한다.

이에 더하여 2022년도부터 자산 1,000억원 이상의 의료법인은 ‘주기적 감사인 지정제’ 적용 대상이 된다. 감사인 지정제를 적용받게 되면 대상 의료법인은 임의로 외부감사인을 정하지 못하고 기재부가 지정해주는 외부감사인(회계법인 등)에게 회계감사를 맡겨야 한다.

장기간 동일한 외부감사인에게 감사를 맡김으로써 감사의 독립성 및 객관성이 저해되는 문제를 예방하기 위한 것이다. 주기적 감사인 지정제를 적용받게 되면 4년간 자유롭게 외부감사인을 선임한 후 향후 2년 동안은 기재부가 지정한 외부감사인에게 회계감사를 받아야 한다.

◆ 의료법인의 결산서류 공시 의무

2020년도부터 모든 의료법인은 사업연도 종료일로부터 4개월 이내에 국세청 홈페이지에 결산서류를 공시해야 한다. 원래 상증법상 공익법인에 대해 규정한 사항인데 의료법인은 정관의 사업목적상 공익법인에 해당하므로 이 규정에 따라 결산서류에 대한 공시 의무가 발생한다. 작성 및 공시해야 할 결산서류는 다음과 같다.

공시 대상 결산서류

· 의료기관 회계기준 등에 의해 작성된 재무제표
· 기부금품 수입 및 지출내용
· 의료법인 등의 대표자, 이사, 출연자, 소재지 및 목적사업에 관한 사항
· 출연재산의 운용소득 사용명세
· 주식보유 현황 등에 관한 사항
· 외부감사 대상 의료법인의 경우 감사보고서와 첨부된 재무제표

결산서류를 공시하지 않거나 공시 내용에 오류가 있는 경우 가산세(총 자산액의 0.5%)가 부과된다. 또한 출연재산 사후관리(출연재산 등의 직접 공익목적 사용 의무 미이행) 미비로 간주되어 증여세가 과세될 수 있으니 특히 유의해서 작성하고 공시서류가 누락되지 않도록 해야 한다.

◆ 일정규모 이상 의료법인에 대한 세무확인

총 자산 5억원 이상 등 일정규모 이상의 의료법인은 출연재산의 공익목적 사용여부 등에 대해 공인회계사 등 외부전문가의 세무확인을 받아야 한다. 앞서 외부감사 등이 의료법인이 작성하는 재무제표의 적정성 등을 확인하는 절차인데 비해 세무확인은 출연금, 기부금 등 의료법인이 출연받은 재산에 대해 공익목적으로 사용되었는지를 확인하기 위한 것이다. 따라서 외부 회계감사를 받는다고 해서 공익법인 세무확인이 면제되지 않는다.

총 자산 5억원 이상 혹은 해당 사업연도 수익사업 수익과 출연금액 합계액이 3억원 이상인 의료법인은 공인회계사 등 외부전문가로부터 세무확인 받은 결과를 사업연도 종료일로부터 4개월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.

세무확인에 대한 보고의무 등을 이행하지 않은 경우 가산세(해당 사업연도 수입금액과 출연재산 합계에 0.07%를 곱하여 계산한 금액과 100만원 중 큰 금액)가 부과된다.


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